หลักการของสงครามที่ชอบได้วางข้อสันนิษฐานไว้ก่อนเบื้องต้นไม่ได้เห็นด้วยการก่อหรือทำสงคราม (against war) แต่ก็ยอมรับว่าการทำสงครามไม่ใช่ทางเลือกที่เลวร้ายที่สุด แม้สงครามจะไม่ใช่ทางเลือกที่ดีก็ตาม ความรับผิดชอบ ผลลัพธ์ที่ไม่พึงปรารถนา หรือความโหดร้ายที่สามารถป้องกันได้อาจทำให้การก่อสงครามเป็นสิ่งที่ชอบธรรม กล่าวอีกนัยหนึ่งคือ รัฐไม่ควรก่อให้เกิดสงครามขึ้นเว้นแต่หลักเกณฑ์ทั้งหมดเกิดขึ้นครบถ้วน ทำให้สิทธิที่จะทำสงคราม (jus ad bellum) และในการสู้รบระหว่างสงครามรัฐต้องปฏิบัติตามที่ชอบธรรมด้วย (jus in bello) รวมทั้งต้องปฏิบัติตามโดยชอบธรรมด้วยหลังจากหยุดหรือระงับการทำสงคราม (jus post bellum) แม้ว่าหลักเกณฑ์เหล่านี้ไม่ได้เป็นหลักเกณฑ์ที่เป็นทางการ แต่เป็นที่ยอมรับกันในทางปฏิบัติระหว่างประเทศ ทั้งนี้ ก็มีผู้ที่ไม่เห็นด้วยกับทฤษฎีสงครามที่ชอบธรรมเนื่องจากความเห็นว่าไม่มีสงครามที่สามารถก่อให้เกิดควาชอบธรรม สงครามตอบสนองผลประโยชน์ของประเทศที่อ้างเรื่องนี้ว่ามีความชอบธรรม
1. Jus Ad Bellum (Right to go to war) คือ การคำนึงถึงความชอบธรรม ซึ่งต้องปฏิบัติก่อนที่จะมีการประกาศสงคราม ประกอบด้วยสาระสำคัญ 5 ประการ คือ
1.1 สาเหตุอันชอบธรรมในการก่อเหตุ (Just Cause) การที่จะประกาศสงครามได้นั้นต้องมีเหตุผลอันชอบธรรม เป็นต้นว่า การต่อสู้ป้องกันตัวจากการรุกรานของฝ่ายตรงข้ามที่ไม่เป็นธรรม คุ้มครองประชาชนผู้บริสุทธิ์ ปกป้องสิทธิเสรีภาพและรัฐจากการถูกล่วงล้ำสิทธิ ตลอดจนการป้องกันการฆ่าล้างเผ่าพันธ์ เป็นต้น
1.2 อำนาจที่ถูกต้องตามกฎหมาย (Lawful Authority) การตัดสินใจประกาศสงครามต้องเป็นไปโดยผู้ปกครองประเทศที่มีอำนาจเหมาะสม หรือผู้มีอำนาจสูงสุดของประเทศ ตลอดจนองค์กรซึ่งเป็นที่ยอมรับของสากล โดยผ่านกระบวนการที่ถูกต้อง และต้องประกาศให้สาธารณชน (รวมถึงพลเมืองของตนเองและของศัตรู) รับทราบด้วย
1.3 จุดมุ่งหมายที่ชอบธรรม (Just Intent) คือความมุ่งมั่นในการทำสงครามเพื่อที่จะนำมาซึ่งสันติภาพ ไม่ใช่เป็นการทำสงครามเพื่อล้างแค้น หรือเพื่อเกียรติศักดิ์ของผู้ร่วมสงคราม
1.4 มาตรการสุดท้าย (Last Resort) ก่อนการประกาศสงครามต้องแน่ใจว่าประเทศนั้น ๆ ได้พยายามทุกวิถีทางเพื่อขจัดข้อพิพาทระหว่างประเทศ โดยเฉพาะการเจรจาทางการทูตเป็นสิ่งที่ต้องนำมาใช้เป็นอันดับต้น ๆ จนถึงที่สุดแล้ว เมื่อไม่มีวิถีทางใดที่ดีไปกว่าการลงโทษผู้รุกรานจึงจะประกาศสงครามได้
1.5 ความหวังที่จะได้รับชัยชนะ (Reasonable Hope of Success) จุดมุ่งหมายของการทำสงครามคือ ต้องทำสงครามจนได้ชัยชนะโดยเร็วที่สุด และหากทราบดีว่าผลของการสู้รบนั้นคือไม่สามารถไปสู่ความสำเร็จหรือเป้าหมาย ที่ตั้งไว้ได้ ก็ต้องหาทางสกัดกั้นหรือขจัดความรุนแรง เพราะหากฝืนสู้รบไปก็เป็นการไร้ประโยชน์และจะมีแต่ผลเสียติดตามมา
ทั้งนี้ จะต้องมีการประกาศอย่างเป็นทางการ (Formal Declaration) ก่อนจะมีการใช้กำลังสู้รบ ประเทศจะต้องทำการประกาศสงครามและระบุวัตถุประสงค์ด้วย
2. Jus In Bello (What is right in war) คือแนวการปฏิบัติตนในระหว่างภาวะสงครามหรือเป็นแนวทางจริยธรรมในช่วงสงคราม ประกอบด้วยสาระสำคัญ 2 ประการ คือ
2.1 การแยกแยะความแตกต่าง (Discrimination) กล่าวคือ ผู้ทำหน้าที่ในการรบต้องแยกแยะระหว่างประชาชนหรือพลเมืองที่บริสุทธิ์กับทหารของฝ่ายตรงข้าม หลีกเลี่ยงความรุนแรงที่โหดร้ายป่าเถื่อนและไม่เป็นธรรม อีกทั้งเชลยศึกต้องได้รับการปฏิบัติอย่างดีและมีเกียรติ นอกเหนือจากวิธีการปฏิบัติต่อเชลยศึกแล้ว ทรัพย์สินของคู่สงครามต้องไม่ถูกทำลายให้ได้รับความเสียหายมากเกินความจำเป็นด้วย
2.2 ความเป็นสัดส่วน (Proportionality) หมายถึงความพอเหมาะพอดีในการใช้กำลังในสงคราม ซึ่งประเทศหนึ่ง ๆ ควรจะใช้กำลังที่พอสมควรในการบรรลุถึงเป้าหมาย รวมถึงการตระหนักถึงเงื่อนไขในการใช้กำลังอาวุธเพียงเพื่อให้สงครามยุติลงหรือยุติความรุนแรงลงเท่านั้น การใช้อาวุธร้ายแรงซึ่งมีอานุภาพทำลายล้างสูงถือเป็นการใช้กำลังที่ไม่ได้สัดส่วน
2.3 ความจำเป็นทางทหาร กล่าวคือากรโจมตีหรือการกระทำทางทหารต้องมีเจตนาเพื่อต้องการชัยชนะเหนือคู่ต่อสู้ และจะต้องโจมตีเป้าหมายทางทหารโดยชอบธรรมเท่านั้น การทำร้ายต่อพลเรือนหรือทรัพย์สินของพลเรือนต้องได้สัดส่วนและไม่เกินสัดส่วนในแง่ของประโยชน์ทางตรงและเป็นรูปธรรมที่คาดได้ หลักการนี้คือการจำกัดการเสียชีวิตและความเสียหายที่อาจเกิดขึ้นมากเกินไปและไม่จำเป็น
2.4 การปฏิบัติต่อเชลยศึก กล่าวคือ เชลยศึกที่ยอมแพ้หรือถูกจัยกุมตัวได้จะต้องไม่ถูกคุกคามอันตรายและไม่ทรมานหรือปฏิบัติอย่างไม่ชอบตามอำเภอใจ
3. ในช่วงที่ผ่านมา นักวิชาการ เช่น แกรี่ แบส หลุยส์ เบเซียลโล่ และไบรอัน โอเรนด์ได้นำเสนอหลักเกณฑ์ประเภทที่สามของหลักการสงครามที่ชอบธรรม คือ Jus post bellum ซึ่งเป็นหลักเกณฑ์ความยุติธรรมหลังการยุติสงคราม ไม่ว่าจะเป็นการทำสนธิสัญญาสันติภาพ การซ่อมแซมบูรณะ กระบวนการพิจารณาคดีอาชญากรสงคราม เป็นต้น หลักการนี้ได้เพิ่มเติมหลักเกณฑ์ว่า รัฐจะต้องยุติสงครามหากสาเหตุของสงครามได้รับการแก้ไขหรือป้องกันได้แล้วอย่างสมเหตุสมผลและผู้รุกรานประสงค์จะเจรจาเพื่อยอมแพ้ การยอมแพ้หมายความรวมถึงการขอโทษ ยอมจ่ายค่าชดเชย ยอมต่อสู้ในคดีอาชญากรรมสงคราม หรือยอมปรับปรุงตัว ซึ่งมีหลักเกณฑ์ดังนี้
3.1 การประกาศต่อสาธารณะ (Publicly Decleration and Authority) คือ เงื่อนไขสันติภาพต้องประกาศต่อสาธารณะโดยผู้มีอำนาจอย่างชอบธรรมและผู้มีอำนาจดังกล่าวต้องยอมรับในเงื่อนดังกล่าว
3.2 การแยกแยะความแตกต่าง (Discrimination) คือ รัฐที่ได้รับชัยชนะต้องจำแนกแยกแยะผู้นำทางการเมือง ผู้นำทหาร ทหารที่สู้รบ และพลเรือน มาตรการลงโทษต้องจำกัดตามความรับผิดชอบของบุคคลนั้นๆ รัฐที่ได้รับชัยชนะต้องใช้มาตรฐานเดียวกันด้วยความเป้นการกลางและอิงการสอบสวนการกระทำผิดจากสงครามที่ใช้กำลัง
3.3 หลักความได้สัดส่วน (Proportionality) คือ รัฐที่ได้รับชัยชนะต้องปฏิบัติหรือกำหนดเงื่อนไขต่อรัฐที่ยอมแพ้ตามสัดส่วนหรือสมควรแก่กรณี โดยคำนึงถึงสิทธิที่มีการละเมิดในตั้งแต่เริ่มแรก
3.4 การปรับปรุงตัว (Rehabilitation) คือรัฐที่ได้รับชัยชนะอาจกำหนดให้รับที่ยอมแพ้ต้องมีการปรับเปลี่ยนสถาบันทางการเมืองหรือการปกครอง เช่น ลดกองกำลังทหาร การฝึกอบรมตำรวจและตุลาการใหม่ และการส่งเสริมการศึกษาอบรมเรื่องสิทธิมนุษยชน เป็นต้น แต่การปฏิรูปดังกล่าวอาจมีวัตถุประสงค์เพื่อจัดตั้งหรือรื้อฟื้นสังคมพลเรือนให้กลับมามีสันติภาพและปกป้องสิทธิมนุษยชน เป็นต้น